“总后”一份报告引出“五七指示”
邱会作将军任总后勤部部长正值国家困难时期，军队经费拮据。他号召各部队开荒种地，养猪种菜，办家属厂等，遂有城西湖、牛田洋等农场建成。3年饥荒时期，解放军系统无浮肿、无饿死人情况，且总后从农副业生产经费中上缴国库20个亿。1966年初，邱会作主持起草了《关于进一步搞好部队农副业生产的报告》，以总后勤部署名送林彪，林彪转呈毛泽东。毛阅后大喜，复信林彪，要求全国各行各业都要办成“大学校”，“学政治、学军事、学文化，又能从事农副业生产……”等，此信写于5月7日，史称“五七指示”。肖华闻之与邱会作言：“你发财了，既发经济财，又发政治财。”
“文革”期间，邱会作除军队事务外，亦负责“外援”事宜，即支援“世界革命”，如以武器、弹药、服装、药品援助阿尔巴尼亚、越南、朝鲜、罗马尼亚、坦桑尼亚等国。将军事必亲躬，案无留牍，条理井然，多次受周总理赞誉。
林彪手令：“立即放出邱会作！”
世人皆知“文革”中有“二月逆流”之事，皆知“二月逆流”中陈毅、叶剑英、徐向前、聂荣臻、李富春、李先念、谭震林等老帅大闹怀仁堂之事，而鲜知此事与邱会作有关联。
1967年1月，总后造反派批斗邱会作甚烈。为避风头，将军以养病为名，上西山军委前指藏匿。造反派闻邱失踪，急聚众数千，团团围住三座门（军委办公厅），要求邱回总后接受批斗。其时，军委文革小组迫于压力，电话指示邱回总后，参加“文革”。
邱会作下山后，即被第二军医红纵造反派捉拿，关押于总后卫生部三楼。造反派以“车轮战”批斗之，剃阴阳头，坐“喷气式”，罚跪请罪，致邱肩胛骨骨膜、肌肉断裂，右肋骨断裂并横出，多次昏厥，命在旦夕。1月24日，将军见地上有一烟盒，急取之暗书一求救信致毛泽东、林彪、叶剑英：现在我有生命危险，向主席、林副主席、叶帅求救。“文化大革命”万岁！毛主席万岁！此信由警卫送饭时藏于裤裆，顺利送出。
当晚，林彪闻之大怒，急书手令：“立即放出邱会作！”并命陈伯达共同签名。叶群等持林彪、陈伯达手令分乘两辆小车，直驱总后大院，向造反派示林、陈手令，邱会作由此得救也。
当是时，邱会作之子邱路光随行。路光言：叶群走后，（从8点到12点）林彪数次打电话询问情况，汽车发动三次，随时准备出发。父亲回西山时已夜半，叶剑英、聂荣臻元帅等均于西山等候。两老帅见家父剃阴阳头、满头血斑、遍体鳞伤，悲愤至极。叶帅亲扶之进屋，曰：“会作啊，你受苦了！”聂帅边走边骂：“法西斯！法西斯！”次日晨，刘伯承元帅拄杖前来探望，以手抚摸家父伤处，曰：“我眼睛看不见，让我摸摸你啊！”
邱路光告余，其父是“文革”初期军队系统被斗最惨的一位总部领导，血淋淋的教训，对老帅们的情绪影响很大。1967年2月11日，老帅们之所以雷霆震怒，奋力抗争，大闹怀仁堂，邱会作的遭遇当为重要导火索之一。
晚节不保
“文革”中，邱会作晚节不保。据总后保存的档案材料记载，1966年6月至1970年3月，邱会作先后在24次讲话、40个文件材料中，给总后原政治部主任等17名军职干部和总后司令部参谋宋平等107名师职以下干部群众，强加了各种莫须有的罪名，其中108名同志被非法关押、刑讯逼供和揪斗，身心受到严重摧残。总后机关制造出“特务叛国外逃集团”冤案，株连了总后原政委李聚奎等26名军职以上干部和269名师职以下人员。
1971年，邱会作因“林彪事件”被拘捕，1973年开除党籍；1981年1月以“林彪反革命集团主犯”罪，判处有期徒刑16年，剥夺政治权利5年，判刑后保外就医于西安。1987年9月，邱会作服刑期满，就地安置，每月生活费200元。邱晚年关注国家大事，每日向邻居借报阅读，快借、快读、快还，曾曰：“我举双手赞成改革，改革就是革命。只有改革，中国才能前进。要改革就会有缺点，有错误，怕的就是知错不改。”
出狱后的思考反省
魏佑铸将军曾告余，延安时期，毛泽东曾称邱会作为“小马克思”，此言确否待考。1981年1月25日，余询此事于邱会作之子邱路光，路光取一笔记本示余。
该笔记为将军1999年八五高龄所记，有记高科技知识者，如“纳米技术是讲长度的，一根头发丝的万分之一叫一纳米”；有记历史典故者，如“天杖（打板子）是隋炀帝的儿子杨坚发明的，打死了还要打二百四十板，取名天杖”；有记生物常识者，如“文昌鱼是全世界鱼的祖先”。更多的是将军对时政的分析思考，如“知识经济的周期性很短，各领风骚数百年的时代过去了”；“文化革命前是政治造假，改革开放后是商品造假”；“每两天有一个厅局长腐败，每几月有一个省级干部腐败，假冒伪劣都与国家干部有关。反腐败必须做到三条：1.教育；2.人事制；3.纪律”；“当今平民百姓面临新的三座大山：房子、医疗、子女上学”，等等。
余读之大惊。将军年迈仍好学如此，反省“文革”教训，紧跟变革大势，余等后辈弗如也。
邱会作1987年刑满出狱，2002年7月18日病逝于北京协和医院，享年89岁。将军逝世后，骨灰安葬于八宝山革命公墓。2008年11月21日，家人将其骨灰迁往家乡安葬，同时举行了将军铜像的安放仪式。铜像屹立于雕栏围砌的墓地中央，形若真人，目视远方。据将军家人言，邱会作晚年曾三度想回家乡看看，皆因身体原因而未能如愿。逝世6年后，终于可以落叶归根、魂归故里了。
（本文资料来源于邱会作之子邱路光及谢胜坤、魏佑铸、丁盛等人采访口述，并参阅了张正隆、老九等人的相关文章）
