1896年3月4日，为了对清朝的战争赔款和接受辽东半岛得到的奖金①进行专项管理，日本政府为此公布了赔款特别会计法。 截止1902年末，这笔款项的收入总额为3亿6451万日元；其中包括战争赔款3亿1107万元（85.3％），从清政府接受辽东半岛得到的奖金4491万日元（12.3％），运用赔款赢利853万日元（2.4％）。同时，这笔款项的总支出是3亿6081万日元。余额为370万日元。支出包括：日清战争的战费（记入到临时军费特别款里）7896万日元21.9％，扩从军费2亿2606万日元62.6％（陆军5680万日元15.7％，海军1亿3926万日元38.6％，军舰鱼雷艇补充基金3000万日元8.3％），其他15.5％（建钢铁厂58万日元0.2％，运输通信费321万日元0.9％，台湾经营费补助1200万日元3.3％，皇室专款2000万日元，5.5％，防灾基金1000万日元2.8％，教育基金1000万日元2.8％）。综上所述，清朝的战争赔偿等款项里84.5％共3亿502万日元用于战争费用和军扩费用。
另外，1896年～1905年的军扩费用总额为3亿1324万日元（不包括第三期海军扩张计划的费用，只是第一期和第二期），使用比例为，陆军32.4％（建炮台8.6％，粮食军需物质16％，扩建炮兵工厂5.8％，其他1.9％），包括建立66舰队的费用海军为67.6％。财源构成比例为：清朝的战争赔款及奖金62.6％，税金12.7％，国债24.7％。
①“還付報奨金 ”这个词得特别说明下，前后文的意思是，清朝打了败仗签订马关条约割让辽东半岛等给日本，不光得到土地，还因此得到了4491万日元的奖金。就是说你把我家给侵占了，我还要为此专门拿钱谢谢你（笑）。
马关条约陪了2亿两白银约和3.1亿日元。相当于清朝两年半的全国财政收入，用7年的税收来支付战争赔款。
日本为这次战争总共花费2亿3340万日元。
当时的3亿日元是什么概念呢？
1898年时在日本，管吃管住的临时男工一个月工资大约1.55日元。干农活每天上班一个月可以赚3.1日元；一个木匠一个月能赚10日元；伊藤博文担任贵族院议长时年薪5千日元。日本作家夏目漱石在1895年担任东京高等师范学校的讲师时，月薪37.5日元。
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庚子年(1900)八国联军侵华，清政府与德﹑法﹑俄﹑英﹑美﹑日等11国驻华公使，于1901年9月7日在北京签订了《辛丑条约》。其中第六款规定，赔偿各国关平银4.5亿两，年息4厘，分39年还清，本息合计982238150两，以关税﹑常关税和盐税作抵押，通商口岸的常关也归海关管理。这项巨额赔款使中国社会彻底沦为半殖民半封建主义社会。各国的分配率以俄国最多，计28.97％，德20.02％，法15.75％，英11.25％，日7.73％，美7.32％，意5.91％，比1.89％，其余都不足1％。还本付息定在上海办理，先由汇丰﹑德华﹑道胜﹑汇理﹑正金五银行经收。次年美国花旗银行在上海设行，参加组成银行委员会，所收本息摊交各国所定银行。清政府以关税收入仅能抵偿旧借外债，为筹还赔款计，将年额2121万余两摊派各省﹑关，从而引起田赋﹑丁漕﹑粮捐﹑契税﹑当税﹑盐斤加价﹑关税﹑厘金﹑统税和各种苛捐杂税的不断增加。在偿还该赔款时银价跌落，各国坚持按“应还日期之市价易金付给”，到1905年，镑亏积欠120万英镑(合银800万两)。4月26日清政府为支付这项差额，向汇丰银行借款100万英镑，年息5厘，20年还清，本息合计1525000镑。以关税及山西省烟酒税厘金作抵，债票按97％在伦敦发行，市价 99％～103％。这项借款实际是庚子赔款的追加负担。
1909年起，美国将所摊浮溢部分本利退回，充作留美学习基金，到1924年6月退回余款本利1250余万美元，作为中国教育文化基金。1917年12月起，大部庚款缓付5年，德奥部分因战败取消，和俄国缓付部分，都拨作国内公债基金。1924年5月底苏联政府声明放弃俄国部分庚款，于清偿所担保债务后，完全充作提倡中国教育款项。1925年法﹑日﹑英﹑比﹑意﹑荷等国都先后声明退回赔款余额，并订立协议，充作办理对华教育文化事业，或充作外国银行营业费用和发行内债基金之用。这种退回庚款的实际使用，大都由中外合组的管理委员会主持。
1911年初，利用庚款而专门为培养赴美留学生的清华留美预备学校正式成立。在清亡以后继续利用庚子赔款选拔留学生。1924年，美国国会通过决议，将其余的庚子赔款用于中国，成立“中国文教促进基金会”（或称“中国基金会”），掌管的金额为1254.5万美金，北洋政府任命了由10名 中国人和5名美国人组成的托管董事会。其中的相当部分金额以奖学金的方式提供给清华大学。1949年掌管“清华基金”的杰出教育家梅贻琦先生到台湾后，又利用这笔款项创办了新竹清华大学。
随后，英国、俄国等国也有庚子赔款，也是用于教育，具体多少钱无法准确核实了。
